יש לפקח היטב על המזון בתנור המיקרוגל בזמן הבישול. ההוראות שכלולות במתכונים בכל הנוגע להגבהה, בחישה וכן הלאה, הן הצעדים המומלצים המינימליים. אם נראה שהמזון מתבשל בצורה לא שווה, יש לבצע את ההתאמות הנחוצות לתיקון הבעיה.
כיסוי: יש לחצות את הצלחת במכסה, נייר אפייה (לא נייר פרגמנט) או ניילון נצמד לשימוש בתנור מיקרוגל. הכיסוי לוכד את החום והאדים, בכך הוא עוזר לבשל את האוכל מהר יותר.
בחישה: יש לבחוש מהחלק החיצוני כלפי המרכז, שכן המזון בחלק החיצוני של הכלי מתחמם מהר יותר.
זמן המתנה: זמן ההמתנה מאפשר למזון לסיים את הבישול וגם עוזר לערבוב והתפתחות טעמים. לרוב ניתן להשאיר את המזון למשך 3-10 דקות לאחר הוצאתו מהתנור.
זמן בישול: יש להגדיר את זמן הבישול בהתאם לטמפרטורה של הרכיבים. הבישול של רכיבים קרים מאוד דורש זמן רב יותר בצורה משמעותית לעומת רכיבים בטמפרטורת החדר.
התזה: יש להתיז מים על מזונות בעלי רמת לחות נמוכה, כגון צלי וירקות לפני הבישול או לכסות אותם לצורך שמירה על לחות.
ארגון: החלק העליון של מזונות, יתבשל מהר יותר מהחלק התחתון. יש להפוך את המזון מספר פעמים בזמן הבישולים.
ניקוב: לפני הבישול, יש לנקב מזונות שסגורים בקליפה, עור או קרום, כדי למנוע פציעה של החלק החיצוני.
מזונות מסוג זה כוללים חלמונים וחלבונים של ביצים, צדפות, תפוחי אדמה וירקות או פירות שלמים אחרים.
צורת המזון: גלי המיקרו חודרים רק לעומק של כ-2 ס"מ לתוך המזון. רק הקצה החיצוני של המזון מבושל על ידי אנרגיית מיקרוגל, השאר מתבשל בזמן שהחום מתקדם פנימה.
יש להניח את החלקים העבים ביותר של מזון, כגון בשר, עוף או דגים, כלפי החלק החיצוני של הכלים כדי לעזור להם להתבשל בצורה שווה יותר.
אם ניתן, מומלץ לעצב את המזונות בצורה של עיגולים או טבעות.
דחיסות: מזון קליל ומחורר, כגון עוגות ולחמים, מתבשל מהר יותר לעומת מזונות כבדים ודחוסים כמו צלי או תבשילי קדרה.
עצמות ושומן: עצמות מובילות חום ושומן מתבשל מהר יותר לעומת בשר. יש לטפל בנתחי בשר שכוללים עצמות או שומן.
כמות: ככל שמניחים יותר מזון בתנור, כך יידרש זמן בישול רב יותר.
הגנה: יש לכסות את הפינות של כלים מרובעים ברצועות נייר אלומיניום כדי למנוע בישול יתר. אין להשתמש ביותר מדי נייר אלומיניום ולהקפיד שהוא מאובטח כראוי בכלי. אם נייר האלומיניום מתקרב מדי לדפנות התנור במהלך הבישול, הוא עלול לגרום להקשתה.